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細胞游離DNA測試或有助於李法美尼綜合征患者早期發現癌症
紐約的一項原理驗證研究的結果表明﹐分析基因組﹑片段組和甲基化組的無細胞DNA血液測試可以幫助患有遺傳性癌症易感綜合症的個體及早發現癌症。這種疾病被稱為李法美尼(Li-Fraumeni)綜合征﹐其特徵是存在危險的種系TP53突變。
正如《Cancer Discovery》報道的那樣﹐來自病童醫院(SickKids)﹑安大略省癌症研究所﹑瑪格麗特公主癌症中心等地的研究人員回顧性分析了所收集的193份血漿樣本中的游離DNA(cfDNA)﹐這些樣本來自89名患有種系TP53突變的成人或兒童。TP53突變會增加患腦腫瘤﹑乳腺癌﹑腎上腺皮質癌﹑軟組織肉瘤或骨肉瘤的風險。
隨著時間的推移﹐對42名受李法美尼綜合征影響的參與者進行了測試﹐每人提供2到11個樣本﹐而其他人則提供單個樣本。89名參與者中﹐26人患有活動性癌症﹐18人起初腫瘤呈陰性﹐而後發展為一種或多種惡性腫瘤。使用靶向基因組測序﹑淺層全基因組測序和無細胞甲基化DNA免疫沉澱測序(cfMeDIP-seq)﹐研究小組研究了患有活動性癌症﹑或隨後診斷出癌症的個體血漿樣本中的腫瘤突變﹑拷貝數變化﹑與癌症相關的ctDNA片段模式以及cfDNA中發現的甲基化標記。
瑪格麗特公主癌症中心OICR研究人員表示﹐這種方法可以檢測血液中多種不同類型的DNA變化﹐這些變化展示了惡性腫瘤在成像中可被觀察到的前幾個月﹐身體某處就已經發生了變化。在機器學習的幫助下﹐該團隊縮小了早期癌症對應血漿標記物的範圍﹐總體陽性預測值為67.6%﹐陰性預測值接近97%。在臨床上無癌症的個體中﹐他們發現陽性預測值略高於54%﹐陰性預測值超過95%。
除了癌症普遍導致的cfDNA改變之外﹐該團隊的分析還為惡性腫瘤出現的原發部位提供了線索。特別是與無癌症或患有其他癌症類型的個體樣本相比﹐研究人員發現患有活動性乳腺癌的個體其甲基化區域往往出現高度甲基化。「到目前為止﹐我們確實沒有好的方法對患有癌症﹑或有患癌傾向的兒童進行監測﹐」腫瘤學研究人員表示：「現在我們可以使用簡單的血液測試來確定癌症何時﹑何地以及是否發生。」。
研究人員通過結合可用的數據類型可以提高cfDNA的癌症監測靈敏度﹐提出一個集成的基因簽名﹐能夠在早期癌症患者的近一半樣本中準確地找到癌症線索﹐在部分晚期癌症病例的樣本中﹐這一比例接近92%。「這些方法中的每一種都能夠檢測樣本中與癌症相關的信號﹐但多種分析的整合提供了對腫瘤DNA事件更全面的瞭解﹐」瑪格麗特公主癌症中心巴爾瓦尼家族癌症診所醫療研究人員在一份聲明中表示。「這種更穩健的方法對於風險很高的早期癌症檢測至關重要﹐」研究人員解釋道。
論文中寫道：「與目前的臨床監測方法(例如成像)相比﹐採取無細胞DNA血液測試的液體活檢可以更早地檢測出李法美尼綜合征患者的癌症。液體活檢提供了更好的可及性和檢測敏感性﹐補充了當前已有的臨床檢測方法。」。
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